Возникла ещё в далёком 1940 году. Именно в этот момент начали происходить отводы речных вод, используемых в промышленных целях (в основном, для орошения полей). Это привело к тому, что треть всего объема воды, питающего море, исчезла, что, в свою очередь, вызвало истощение морских вод. Вместе с тем начал увеличиваться сброс вредных веществ, химических отходов и другого мусора, что вызвало загрязнения Азовского моря в катастрофических масштабах.
Со стоком речных вод поступают соли тяжелых металлов, пестициды, агрессивные химические элементы, продукты переработки нефти и много чего другого. Как результат — биологическая продуктивность всех живых организмов сократилось больше, чем в два раза, приводя к частичному вымиранию многих видов морских существ. Ситуацию усугубляет и вылов рыбы. Кроме того, появилась и другая проблема: вместе с осушением рек, в Азовский бассейн стали поступать воды Чёрного моря, которые более соленые. Кажется, не такая уж и большая проблема, но они вызывают нарушения и деформации биотических компонентов всей Азовской акватории.
Кроме того, существует и ряд других экологических проблем, усугубляющих процесс загрязнения.
Решение подобных проблем должно быть комплексным, так как все они взаимосвязаны.